Si la commune ne tire pas nécessairement son nom des pruniers ou des pruneliers, celui-ci est par contre et sans équivoque rattaché à la présence des templiers. En 1189, Simon d’Anet fit don à l’ordre des templiers du village et de tous les biens qu’il y possédait. Lorsqu’à la demande du roi Philippe IV le Bel, le pape Clément V prononça en 1312 la dissolution de l’ordre, les biens des templiers furent dévolus à l’ordre des hospitaliers de Saint-Jean de Jérusalem. A la révolution, ces possessions monastiques furent vendues comme biens nationaux et Prunay fut rattaché au canton de Septeuil, puis à Houdan en 1802. Au début du 20ème siècle, une ligne ferroviaire secondaire reliant Mantes à Rambouillet avec la création d’une gare à Prunay fut à l’étude. Le projet présenté en 1912 fut proche de la réalisation lorsque survint la première guerre mondiale qui l’enterra définitivement.